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Tomato locus isochorismate synthase
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Locus | Solyc06g071030 |
Locus name | isochorismate synthase |
Symbol | ics |
Gene activity | isochorismate synthase |
Description | |
Chromosome | 6 |
Arm |
|
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Registry name: | None | [Associate registry name] |
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Success
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Image | Description | Type |
---|
![]() ![]() | [Associate accession] |
Accession name:
Would you Like to specify an allele?
Alleles (0) | None | [Add new Allele] |
![]() ![]() | [Associate new locus] |
Associated loci - graphical view | None |
![]() ![]() |
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![]() ![]() |
![]() ![]() | unprocessed genomic sequence region underlying this gene |
>Solyc06g071030.2 SL2.50ch06:43636469..43627535 (sequence from reverse strand)
ATATTTCAAGAGAGATTACGAGCAGAGCACGAGTCGTTTAGGGCTGTTTTCGAGTCCTTCAGAACTGGTTCTGACAAGAG
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GCTTTAGCTGGAACACGGGCTAGGGGTGGATCAGAGCTTCTGGATCTTAATATAGAACAGGATTTACTATCCAGGTTCAT
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TTCATTACTTACCGAGTTTTAGTTGATGCAGGGCCTTATGAGACTCTTTAATGTAGACAGGGAAAGTTTGCATGATAGCC
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CACCCTACTCCAGCAGTTTGTGGGTATCCTACAGAAGATGCACGGGCTTTTATTTCAGAAACTGGTACGTGCTAGTTGGT
ATACCCTTGCATGTTTGACTTTATTCTTGAACTAGCTAGCTCTTTGTGCGCACCAATAATGATAGATAGCTACTTATCTT
GGTTGAGAGATTAAAAAAAATGAAGAATGGACGTAGGCTTTTGTAGCTAAAGGATCACTTTGCCCACTCATTATTGCAAA
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TCTGGTACTTGGAAATGCTGTGATTAGTCATACAATAAGACTTTAATTGATGCGTAAGAGAGTATTATCATTTTATGCAA
TGTCTTCATACAGACAGAATAATCAACTCAATGGCTTCTTGAACCTTGTGTTCTGGTATATGAGTTCTAACCAGCTGATG
TTTCCCAGAAATGTTTGACCGAGGAATGTATGCTGGTCCTGTTGGTTGGTTTGGAGGGGAAGAGAGTGAATTTGCGGTTG
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TGGCACTTACAACAGATCTGAGATTGGATATAGGCACAAAATGCATCATTTTGTTTACTTTCTGCATAAGCCTTTCCAGT
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GTGGAAGGAAGTGATTCATCTCTAGAATGGGAAGAGCTAGAGCTAAAGACTTCACAGGTATCCTTAACAATTCTTTTCTA
TGCTATTAGACATGTCTTTTATTATCTAGAGTGTGAAGAACTCCTCTACCCTCTGACAGCAATGACAACATAATATTTTT
TCTGCTGCATCTTTCTATTGTCTCCTGCAGTTCACCAAATTGATGAAACTTGAGGCACCTCTTTTGACTAGAGGACAAAG
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AGGTAAATGAATCGACTTTCATCTCTTCATTGCTTGGGAGTCTTTTTTTTAGACATATCGCCTCTTGAATATAATCCATC
CACTGCTAGATGCTAAATGATAGGTTGAGTTTGATGAGCTTGAAGGAAGTTCAATTATTGCTGCAACTATTGCATGGGAC
AATGCTGCCTCATGGACATACCAGAGGGCAATAGATGCACTTCAGGCCACAATATGGCAGGTCTCCCCTTCTCACTTCAT
TTAATCATTTTGGTTTGGTTATGCTATTTTATTCTAATTTTTCTCCATTCCTCATTAACTTTTCCTTTTAACTCCATGTT
TATGAAAATGCAGCTTTCCTCCGTTCTTATAACAGTGCAGAAGAAAAATCCCCATTCGCATATACTTGCCAATACACATG
TGCCGGGTAAAGCGTCTTGGGACCATGCGGTTAACCGTGCTTTGCAAATAATAAGCAGAAATGACCCTGTACTGATCAAG
GTTGTCAACCGCTTGTGTTTTCTAATCACTTATGCTCTTCACCTTTGACCTTATATTATACCAAAATATTGTTGTTTTAC
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GATGGTGTATCTGGTAAAAGTCAAAAAAGAAATATGTTAATTATGCTTAAACTTTAAAAATGTTCCAGTATGAAATCCTG
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TGACTACAGCTGTTGTAAATACACATGGCAAGTCTGGCTGATAATTTATACTGGTGACAGCTGGATACTTGTGACGAATC
ATCTATAATAAGTTGAAGTAATCAGAACCCATACCCACCCCCTTCTATTGATCCGAAGCATCAAGCTCACTTTTGAAACT
CTCTAGTGCCAATTATTAGCTGTGGTAGCAAAAACATCTGAATCTTTTGTACACTTATTAGAAACGGTGAGGACATAGAA
CAATTTTATTTATTACTTATGCTCTTTTTGAATAGCCAGAGCAGCTATTTCATCGGGACCGCCTCAGCATTTGTAGTGAG
GCTTTAGCTGGAACACGGGCTAGGGGTGGATCAGAGCTTCTGGATCTTAATATAGAACAGGATTTACTATCCAGGTTCAT
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TGGTTAAGAGGTTTCTGAACAGAATCTTAAGAAATTTCATAAGGGAAAAAGAAATTTTGAGATCTCTAATTGGGGGATTG
CACTTGTTCATTTTAGTTTGGTGACATGTACATTTAATTTGACTTTTTAATAATTTTGATGTCAAACTTGAACTATTCCG
GCCCTGGAATTTCTATAGTTCCTAATCCACTTTTAGGACATCTCAGGAACCCTTCATGTTGTATAAAACTAGTTGGCCTC
TCTTAACATTATTTCGTTTCATAGGCTGTGTGTTCAAGCGTTATAATTGAACCAAAGAAAGCAATAAGAAAATTTACAAG
AGTTCAACATCTTTACGCTCGATTGAGGGGGAGACTCCAGGCTGAAGATGATGAGGTAAGTCTTGACGTCTTCTATCCCA
TTCATTACTTACCGAGTTTTAGTTGATGCAGGGCCTTATGAGACTCTTTAATGTAGACAGGGAAAGTTTGCATGATAGCC
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ATACCCTTGCATGTTTGACTTTATTCTTGAACTAGCTAGCTCTTTGTGCGCACCAATAATGATAGATAGCTACTTATCTT
GGTTGAGAGATTAAAAAAAATGAAGAATGGACGTAGGCTTTTGTAGCTAAAGGATCACTTTGCCCACTCATTATTGCAAA
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TATTATGTTCTAAACCAAATTTTATTGCACGCATATTTAATATAATCAAAATCTTACAAGATTAACATCAAATAATTTTT
TTGTAACATTTATGGAATCAATTTATATGCTTCTGACTTCATTTTTAGAATTCCTTTAGGAATCCAGCCTTACATGACTT
TGGCACTTACAACAGATCTGAGATTGGATATAGGCACAAAATGCATCATTTTGTTTACTTTCTGCATAAGCCTTTCCAGT
GATACGTATTTTATATATTGCTGATGATGAAATGTAATAATTAGGGTCTTGGCGCACTAATTTATGCGGGAACTGGGATA
GTGGAAGGAAGTGATTCATCTCTAGAATGGGAAGAGCTAGAGCTAAAGACTTCACAGGTATCCTTAACAATTCTTTTCTA
TGCTATTAGACATGTCTTTTATTATCTAGAGTGTGAAGAACTCCTCTACCCTCTGACAGCAATGACAACATAATATTTTT
TCTGCTGCATCTTTCTATTGTCTCCTGCAGTTCACCAAATTGATGAAACTTGAGGCACCTCTTTTGACTAGAGGACAAAG
TAGGATTATCAATCAGAATCAGAAAGGTTTGTCATGCCTGCCGCATCGTATTTAG
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Get flanking sequences on SL2.50ch06
|
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>Solyc06g071030.2.1 Isochorismate synthase (AHRD V1 **** B0CN79_SOLLC); contains Interpro domain(s) IPR005801 ADC synthase IPR004561 Isochorismate synthase
ATATTTCAAGAGAGATTACGAGCAGAGCACGAGTCGTTTAGGGCTGTTTTCGAGTCCTTCAGAACTGGTTCTGACAAGAG
GCGGCCGCGGATATCTGGGCTTAATGCTGAAGATGAATAGTGCATCTGTAGATAGGGGTTTAAAATTGCATATTTGCTAT
TTTATGTTTTGCTAATCCTTTGCCATAGAGGATGACTGCCCAGTGTCTTACGCTGGGGGAGGGTTTAGCCATTTCTATTG
TAATATAGTGTAATTCGTGTAGCAAAATAGGTAGTTGATGGCCTTGACTGGAGGGCTATATGCTATGGGTCCATTGCCTC
TGTACTACTGGAAATTTTGGTAATGAAGGTTTTCAATGATAGAAGTGGTTCATTAAGCAATAAATGGATGTATGGAAGAC
AAATATCTTGTAATCATTGGCTTGGCTCATGAAAACAATTTTGATTCGGGATGTTTAAGAGCCCGTTTGGACTAGCTTAA
AAGTTGGTCAAAGTTACTTTTAATTTTGTTTTTATTTCTGGAAGTGTTCGGTAAATATGAAACATAATTTAAAGAAGTGT
TTGACAAAGTAAAAAATGACTTAAAATAATTCAGAAATCAAAGTAGGTCTCCTGTTACTTCTTTTTTGATCTAAAAGTTA
TTTCAGTTTAACTTTTTTATTTTTTATCTTAAAAGCAATTTTTTTAAAGTCAATTCAAACGGGCGCTTTTTTTATTTGTC
TATGTTTGACTTTATACATGTCTTGAGAAAGTAACTAATTAAAATTTTAAGTTTACTATAACACTGTTGGAATATATTAA
ATTCTATACGTGTCTTGAGAAAGTAACTAATTAAAATTTTAAGTTTTCACTCATGTCATTAAATATGGATGGAGAACGTA
TTAAGTAGAGGAAGAGATGAGATGGCACACAAGGACAATAGAGTTTTCACTCCTCCCATCTATTTGTGGTCTTGGAATTC
AACTTTATAGCGGCTAAGATGTGTAATGGTGGCCCATTTCTTACATCATCTATGGCAAATAATAAACTTCTGCGTATATA
AAGTAAAGACCATACTTGTTTATTGGGTTTAATTTTGGGTGTACAAATTGGTTACATTCAAATTAAAAACAATATCGATT
CCCAAACTTCCATCTTAATGGCTGTAGGTGTAAGGCACTGCACCATAAGGTTCATGGAACTTGAATCATCATCACTAATG
AAATGTTTGCTCTTGTCTTCACCTCTATATAGAAAGCAATCAGTTCACTTCTCCAACTCTTCTACTCAAAGATATAATCA
ATGTTGTTCATTGTCGATGAATGGATGCCAAGGCGATTCAAGAGCTCCTATTGGAATCGTTGAAACTCGAACTTTGCCTG
CAGTTTCTAGCCCTGCATTGGCCATGGAACGTCTCAATTCTGCCATCTCCGATATGATTAAGTCCGATCCTCCGCCTTAC
GATTCCGGCATTATTCGCCTTGAGGTGCCAATTGAAGAGCAGATTGAATCACTTGAGTGGCTTCATGCCCAGAACCATCT
CCTCCTCCCTCGCTGCTTCTTCTCCGGTCGAAGAGTTGCTTCTGAAATGTGCATCAATGGAGCTTCTTCTCATTCTAAAT
TGGTCAGTGTAGCTGGTGTCGGTTCAGCTGTCTTCTTTACTCATTTACGTCCCTTCTCATTAGACGATTGGCGTGCTATA
AGAAGGTTCCTCTCCAAGAAATGTCCACTAATTCGTGCTTATGGGGCAATCCGATTTGATGCAACAGCCAATATAGCTTC
TGAATGGAGTGCTTTTGGCTCATTTTATTTCATGGTTCCTCAGGTTGAGTTTGATGAGCTTGAAGGAAGTTCAATTATTG
CTGCAACTATTGCATGGGACAATGCTGCCTCATGGACATACCAGAGGGCAATAGATGCACTTCAGGCCACAATATGGCAG
CTTTCCTCCGTTCTTATAACAGTGCAGAAGAAAAATCCCCATTCGCATATACTTGCCAATACACATGTGCCGGGTAAAGC
GTCTTGGGACCATGCGGTTAACCGTGCTTTGCAAATAATAAGCAGAAATGACCCTGTACTGATCAAGGTGGTACTTGCTC
GTAGCACCAGAGTTGTGACAGCTGCAGATATTGATCCACTAACATGGCTGGCTTGCTTAAAGGTTGAAGGAGAAAATGCA
TATCAGTTCTGTTTGCAACCTCCCCATTCGCCGGCATTCATTGGAAACACTCCAGAGCAGCTATTTCATCGGGACCGCCT
CAGCATTTGTAGTGAGGCTTTAGCTGGAACACGGGCTAGGGGTGGATCAGAGCTTCTGGATCTTAATATAGAACAGGATT
TACTATCCAGCGCTAAGGACCATAATGAGTTTGCTATAGTACGGGAGTGCATAAGAAGAAGATTGGAGGCTGTGTGTTCA
AGCGTTATAATTGAACCAAAGAAAGCAATAAGAAAATTTACAAGAGTTCAACATCTTTACGCTCGATTGAGGGGGAGACT
CCAGGCTGAAGATGATGAGTTTAAGATATTGTCATCCGTGCACCCTACTCCAGCAGTTTGTGGGTATCCTACAGAAGATG
CACGGGCTTTTATTTCAGAAACTGAAATGTTTGACCGAGGAATGTATGCTGGTCCTGTTGGTTGGTTTGGAGGGGAAGAG
AGTGAATTTGCGGTTGGAATAAGGTCGGCTTTGGTTGAAAAGGGTCTTGGCGCACTAATTTATGCGGGAACTGGGATAGT
GGAAGGAAGTGATTCATCTCTAGAATGGGAAGAGCTAGAGCTAAAGACTTCACAGTTCACCAAATTGATGAAACTTGAGG
CACCTCTTTTGACTAGAGGACAAAGTAGGATTATCAATCAGAATCAGAAAGGTTTGTCATGCCTGCCGCATCGTATTTAG
ATATTTCAAGAGAGATTACGAGCAGAGCACGAGTCGTTTAGGGCTGTTTTCGAGTCCTTCAGAACTGGTTCTGACAAGAG
GCGGCCGCGGATATCTGGGCTTAATGCTGAAGATGAATAGTGCATCTGTAGATAGGGGTTTAAAATTGCATATTTGCTAT
TTTATGTTTTGCTAATCCTTTGCCATAGAGGATGACTGCCCAGTGTCTTACGCTGGGGGAGGGTTTAGCCATTTCTATTG
TAATATAGTGTAATTCGTGTAGCAAAATAGGTAGTTGATGGCCTTGACTGGAGGGCTATATGCTATGGGTCCATTGCCTC
TGTACTACTGGAAATTTTGGTAATGAAGGTTTTCAATGATAGAAGTGGTTCATTAAGCAATAAATGGATGTATGGAAGAC
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TTGACAAAGTAAAAAATGACTTAAAATAATTCAGAAATCAAAGTAGGTCTCCTGTTACTTCTTTTTTGATCTAAAAGTTA
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ATTCTATACGTGTCTTGAGAAAGTAACTAATTAAAATTTTAAGTTTTCACTCATGTCATTAAATATGGATGGAGAACGTA
TTAAGTAGAGGAAGAGATGAGATGGCACACAAGGACAATAGAGTTTTCACTCCTCCCATCTATTTGTGGTCTTGGAATTC
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AAATGTTTGCTCTTGTCTTCACCTCTATATAGAAAGCAATCAGTTCACTTCTCCAACTCTTCTACTCAAAGATATAATCA
ATGTTGTTCATTGTCGATGAATGGATGCCAAGGCGATTCAAGAGCTCCTATTGGAATCGTTGAAACTCGAACTTTGCCTG
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CCAGGCTGAAGATGATGAGTTTAAGATATTGTCATCCGTGCACCCTACTCCAGCAGTTTGTGGGTATCCTACAGAAGATG
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CACCTCTTTTGACTAGAGGACAAAGTAGGATTATCAATCAGAATCAGAAAGGTTTGTCATGCCTGCCGCATCGTATTTAG
![]() ![]() | translated polypeptide sequence |
>Solyc06g071030.2.1 Isochorismate synthase (AHRD V1 **** B0CN79_SOLLC); contains Interpro domain(s) IPR005801 ADC synthase IPR004561 Isochorismate synthase
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DNAASWTYQRAIDALQATIWQLSSVLITVQKKNPHSHILANTHVPGKASWDHAVNRALQIISRNDPVLIKVVLARSTRVV
TAADIDPLTWLACLKVEGENAYQFCLQPPHSPAFIGNTPEQLFHRDRLSICSEALAGTRARGGSELLDLNIEQDLLSSAK
DHNEFAIVRECIRRRLEAVCSSVIIEPKKAIRKFTRVQHLYARLRGRLQAEDDEFKILSSVHPTPAVCGYPTEDARAFIS
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GQSRIINQNQKGLSCLPHRI*
MAVGVRHCTIRFMELESSSLMKCLLLSSPLYRKQSVHFSNSSTQRYNQCCSLSMNGCQGDSRAPIGIVETRTLPAVSSPA
LAMERLNSAISDMIKSDPPPYDSGIIRLEVPIEEQIESLEWLHAQNHLLLPRCFFSGRRVASEMCINGASSHSKLVSVAG
VGSAVFFTHLRPFSLDDWRAIRRFLSKKCPLIRAYGAIRFDATANIASEWSAFGSFYFMVPQVEFDELEGSSIIAATIAW
DNAASWTYQRAIDALQATIWQLSSVLITVQKKNPHSHILANTHVPGKASWDHAVNRALQIISRNDPVLIKVVLARSTRVV
TAADIDPLTWLACLKVEGENAYQFCLQPPHSPAFIGNTPEQLFHRDRLSICSEALAGTRARGGSELLDLNIEQDLLSSAK
DHNEFAIVRECIRRRLEAVCSSVIIEPKKAIRKFTRVQHLYARLRGRLQAEDDEFKILSSVHPTPAVCGYPTEDARAFIS
ETEMFDRGMYAGPVGWFGGEESEFAVGIRSALVEKGLGALIYAGTGIVEGSDSSLEWEELELKTSQFTKLMKLEAPLLTR
GQSRIINQNQKGLSCLPHRI*
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Unigene ID:
![]() ![]() | [Associate new genbank sequence] |
Other genome matches | None |
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Salicylic acid and systemic acquired resistance play a role in attenuating crown gall disease caused by Agrobacterium tumefaciens.
Plant physiology (2008)
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We investigated the effects of salicylic acid (SA) and systemic acquired resistance (SAR) on crown gall disease caused by Agrobacterium tumefaciens. Nicotiana benthamiana plants treated with SA showed decreased susceptibility to Agrobacterium infection. Exogenous application of SA to Agrobacterium cultures decreased its growth, virulence, and attachment to plant cells. Using Agrobacterium whole-genome microarrays, we characterized the direct effects of SA on bacterial gene expression and showed that SA inhibits induction of virulence (vir) genes and the repABC operon, and differentially regulates the expression of many other sets of genes. Using virus-induced gene silencing, we further demonstrate that plant genes involved in SA biosynthesis and signaling are important determinants for Agrobacterium infectivity on plants. Silencing of ICS (isochorismate synthase), NPR1 (nonexpresser of pathogenesis-related gene 1), and SABP2 (SA-binding protein 2) in N. benthamiana enhanced Agrobacterium infection. Moreover, plants treated with benzo-(1,2,3)-thiadiazole-7-carbothioic acid, a potent inducer of SAR, showed reduced disease symptoms. Our data suggest that SA and SAR both play a major role in retarding Agrobacterium infectivity.
Anand, A. Uppalapati, SR. Ryu, CM. Allen, SN. Kang, L. Tang, Y. Mysore, KS.
Plant physiology.
2008.
146(2).
703-15.
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